Organem kierującym gospodarką budżetową i inwestycyjną jest Dyrektor Sądu Rejonowego w Inowrocławiu - zgodnie z art. 21§2 usp. W zakresie określonym przepisami ustawy z dnia 27 sierpnia 2009r. o finansach publicznych (Dz. U. nr 157 poz. 1240) Dyrektor Sądu Rejonowego w Inowrocławiu jest dysponentem środków budżetowych II stopnia.